Die ältesten Zeugnisse für eine Besiedelung stammen aus der Jungsteinzeit und der Eisenbergzeit und wurden am Kalenderberg gefunden. Um etwa 1130 datiert die erste urkundliche Erwähnung des Ortes als "Engelschakesdorf", daraus ent-
wickelte sich der Ortsname Enzersdorf. Die meisten der älteren Dokumente stehen im Zusammenhang mit dem Weinbau. Um 1165 wurde die Burg Liechtenstein erbaut und 1454 das Franziskanerkloster gegründet. 1529 und 1683 verwüsten türkische Truppen das Dorf und die Burg.
Nachdem die Klosterkirche der Franziskaner im Jahre 1730 zur Wallfahrtskirche "Maria Heil der Kranken" geweiht wurde, setzte ein reger Besucherstrom ein, und der Ort erhielt den Namen "Maria Enzersdorf". Die Erhebung zur Pfarre im Jahre 1784 bewirkte auch die Errichtung eines Friedhofes, der wegen der Grabstätten des Hl. Clemens M. Hofbauer , des Dichters Zacharias Werner u. a. bald als "Romantikerfriedhof" überregionale Bedeutung erlangte. Im Dezember 1807 kaufte Fürst Johann I. von und zu Liechtenstein die Burg seiner Ahnen samt der dazugehörigen Herrschaft zurück. Er ließ die Föhrenwälder pflanzen und darin zahlreiche Gebäude errichten. (Schloß Liechtenstein, Schwarzer Turm u.a.)
Die Burg Liechtenstein, seit dem Türkeneinfall von 1683 Ruine, wurde erst unter seinem Enkel um die Jahrhundertwende wiederaufgebaut und erhielt ihr heutiges Aussehen.
Im Jahre 1889 entstand ein zweites, geistliches Zentrum, das Missionshaus St. Gabriel, wo 1921 der inzwischen weltberühmte Chor der "Sängerknaben vom Wienerwald" gegründet wurde. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts, vernichtet die Reblaus einen Großteil der Weinkulturen. Zahlreiche Weingärten wurden zu Bauland umgewidmet, starker Zuzug aus Wien setzte ein.
Von 1938 bis 1945 gehörte Maria Enzersdorf zu "Groß-Wien". 1955 zur Markt-gemeinde erhoben, erhielt der Ort das bereits 1590 verliehene Wappen als Markt-wappen. Im Jahre 1961 begann der Bau des Ortsteiles Südstadt, der innerhalb von 10 Jahren zu einer Verdoppelung der Einwohnerzahl führte. Die einst bäuerliche Dorfgemeinde ist heute ein geschätztes Wohngebiet.